L'article 35 du projet de loi crée un comité de bassin dans chaque bassin ou groupement de bassins hydrographiques. Ce comité est consulté sur l'opportunité des travaux et aménagements d'intérêt commun au bassin et définit notamment les orientations de l'action des agences de l'eau, qui gèrent la dépollution.

Contre l'avis du gouvernement, les sénateurs ont voté un amendement qui fixe à 50% la représentation des conseils généraux et régionaux, des communes, ou des groupements de communes dans ces comités, à 30% celle notamment des usagers, des associations de protection de l'environnement et de consommateurs et enfin à 20% celle des représentants de l'Etat ou de ses établissements publics.

L'UMP, le PS et le PCF ont soutenu cet amendement. Au contraire, les sénateurs se sont opposés à un amendement (seulement soutenu par les Verts) qui fixait à 40%, à part égales, le nombre de sièges des deux premiers collèges au sein du comité.

Le ministre de l'écologie Serge Lepeltier était favorable à ce dernier amendement, qui "maintenait la parité entre les élus et les usagers, à laquelle sont très attachés les organisations représentatives des acteurs économiques et du monde associatif", a-t-il dit. Le ministre jugeait "nécessaire que les représentants de la société civile soient significativement présents".

"N'oubliez pas que vous êtes aussi un élu local", lui a répliqué l'UMP Ladislas Poniatowski, estimant que la modification votée allait "dans le sens de la décentralisation".

"Ce n'est pas forcément les associations qui représentent le mieux les usagers, mais les élus", a-t-il affirmé.