La sélection des projets qui pourront bénéficier de financements publics interviendra en mars, précise le communiqué commun des ministères de l'Intérieur, des Transports, de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche, de la Défense, de la Santé, de l'Economie et de l'Agriculture. Un quatrième appel à candidatures sera ouvert prochainement à de nouveaux projets de recherche et développement, qui devront être déposés avant fin avril. Le choix des projets qui pourront être aidés sera connu en juillet. Les deux premiers appels à candidatures, lancés en décembre 2005 et mars 2006, ont conduit au dépôt de 339 projets de recherche et développement pour 59 pôles. Les 143 projets retenus bénéficient d'un financement de près de 190 millions d'euros de la part de l'Etat, qui a premis de susciter des aides des collectivités locales d'un total de 103 millions. Selon le gouvernement, "ces aides pourront conduire à engager un peu plus d'un milliard d'euros de projets".

Le gouvernement a labellisé, en juillet 2005, 66 pôles de compétitivité, parmi lesquels 16 pôles "mondiaux" ou "à vocation mondiale", auxquels il compte consacrer en moyenne 500 millions d'euros par an de 2006 à 2008, soit un total de 1,5 milliard. Les pôles, qui ont l'ambition de renforcer la place de la France en matière d'innovation, visent à mettre en réseau entreprises, centres de formation et unités de recherche publiques ou privées.