L'Aide personnalisée au logement (APL), avait été mise en place (1977) pour unifier les aides existantes: l'allocation de logement à caractère familial (ALF) (1948), et l'allocation de logement à caractère social (ALS) (1971). Force est de constater que "trente ans après, les trois dispositifs coexistent toujours", ce qui entraine "un problème de lisibilité et de compréhension par le public, une inégalité de traitement due aux différences subsistant dans les conditions d'attribution et une complexité de gestion".

La Cour des Comptes regrette "la multiplicité des acteurs" dans la gestion des aides personnelles au logement: deux ministères (Logement et Santé) et la Caisse nationale d'allocations familiales (CNAF) comme "distributeur des aides". "La coordination entre les administrations de l'Etat devrait être accrue" et, insiste le rapport: "ces difficultés de coordination renvoient à la question de fond de la nature des aides personnelles au logement et de leur cogestion par l'Etat et la branche famille".

De plus, "les coûts de gestion" conséquences de ces responsabilités partagées entre l'Etat et la sécurité sociale sont "mal évalués". Il suffirait par exemple de changer la date de révision des barêmes pour faire "une économie de gestion de 130 millions d'euros". Jusque-là, la révision n'intervenait qu'en deuxième partie de l'année, le rapport suggère de la fixer au 1er janvier. Enfin, "l'efficacité des aides" est mise en doute étant données leurs "finalités multiples", aide aux familles ou aides à la propriété. "La multiplicité des objectifs a pour conséquence l'impossibilité de les satisfaire tous simultanément" et donc "une dégradation de l'efficacité sociale des aides".

"Il est impossible de rechercher simultanément le maintien de l'efficacité sociale pour les ménages les plus pauvres, la stabilité du nombre d'allocataires et celle de la dépense publique", assène la Cour des Comptes. "La finalité première étant le maintien de l'efficacité sociale du dispositif (...) le seul choix possible consiste à réduire progressivement l'effectif bénéficiaire".

La Cour s'interroge sur le bien-fondé de l'élargissement des aides personnelles à l'aide à l'accession à la propriété. Elle estime que "la suppression des aides personnelles au logement dans le cas de l'accession aurait le mérite de simplifier et rationaliser les différents dispositifs existants".