Dans le cadre de la loi de décentralisation, la Région IDF présidera à partir de juillet 2005 le Syndicat des Transports d'Ile-de-France (STIF), qui a aujourd'hui à sa tête le préfet de région. Au cours d'une conférence de presse juste avant un conseil d'administration du STIF, M. Huchon et son vice-président (PS) aux Transports Serge Méry ont exprimé leur "colère", estimant que le gouvernement tente de faire un "coup de force" et veut, avec la décentralisation, "se débarrasser de ses dépenses". Ils estiment que l'ensemble des charges futures doit être pris en compte: infrastructures, matériel roulant, personnels, déficit structurel et inventaire des actifs du STIF.

"On décentralise un patrimoine et on ne sait pas ce qu'il y a dedans", s'est indigné M. Méry, "un peu comme si on achetait un appartement sans l'avoir visité". M. Huchon a réclamé un autre traitement de la part de l'Etat pour une Région où doivent être pris en charge "60% de l'ensemble des voyageurs de l'ensemble du pays" et alors que la Région a "30 ans de retard dans le transport banlieue-banlieue" et un matériel ferroviaire "parfois vétuste et inadapté". Avec 11 millions d'habitants, l'IDF est le théâtre chaque jour de près de 7 millions de déplacements en transports en commun sur un réseau composé de 840 km de lignes SNCF, 211 de métro, 600 de RER et 18.417 km de lignes de bus.