Le Conseil d'Etat a d'abord annulé une ordonnance du juge des référés du tribunal administratif de Marseille, qui avait suspendu le 24 mai 2006 l'autorisation d'exploitation délivrée par le préfet des Bouches-du-Rhône. Le juge marseillais, appelé à statuer en urgence, avait invoqué les risques pour l'environnement que ferait peser l'ouverture de l'incinérateur. Le Conseil d'Etat a estimé dans sa décision que l'exploitation de l'incinérateur "n'est pas susceptible de commencer avant le mois de juillet 2008 et que c'est donc seulement à partir de cette date qu'elle pourrait produire les effets allégués en matière d'émissions polluantes".

"La condition d'urgence" invoquée par le juge des référés de Marseille "n'est, en l'état, pas remplie", a conclu le Conseil d'Etat. Il a d'autre part rejeté des recours formés contre le permis de construire accordé le 20 mars 2006. Le Conseil d'Etat a cette fois considéré que le juge des référés du tribunal administratif de Marseille, qui avait rejeté le 16 juin 2006 la demande de suspension du permis, "n'a pas commis d'erreur de droit". La construction de l'incinérateur suscite depuis des mois une bataille juridique et médiatique. Voulue par la communauté urbaine de Marseille, l'installation suscite l'opposition des élus locaux de Ouest-Provence, communauté de communes regroupant notamment Fos-sur-Mer et Port-Saint-Louis.

Les travaux de construction ont repris le 27 septembre 2006 après avoir été interrompus par une décision de justice, infirmée en appel.