Dans un premier temps, le traitement se fait de façon classique, c'est-à-dire par voie biologique où les bactéries se nourrissent de la pollution. Toutefois, les plantes interviennent déjà à ce stade puisqu'elles se chargent de traiter l'air et d'éliminer les mauvaises odeurs.

L'air vicié traverse un filtre de tourbe granulaire plantée qui associe l'action des micro-organismes à celle des racines des plantes pour bio-dégrader les polluants responsables de ces odeurs.

Une fois cette première étape franchie, deux filières complémentaires basées sur les plantes vont prendre le relais : une pour le traitement des boues, l'autre pour affiner encore plus l'eau traitée. Au cours de cette deuxième phase, les boues sont épandues dans trois lagunes plantées de roseaux. L'eau va déposer ses matières en suspension avant de retourner, grâce à des drains, en tête de la station d'épuration où la pollution restante sera à nouveau traitée.

Au bout d'une dizaine d'années, les lagunes seront vidées du terreau qu'elles contiennent et celui-ci pourra être utilisé dans les espaces verts des communes du canton. Ainsi, près de 50.000 m3 de boues liquides vont être transformées chaque année en 700 m3 d'humus. De son côté, l'eau traitée va circuler dans des canaux agrémentés de plantes aquatiques et d'arbustes afin de finir de se débarrasser de ses polluants organiques ou bactériologiques et retrouver des teneurs naturelles d'azote et de phosphore.

"Alors que les normes européennes exigent 30 mg/l de matières en suspension, ici à Honfleur, grâce au choix que nous avons fait, l'eau dépolluée est rejetée avec seulement 3 mg/l de matières en suspension", souligne Michel Lamarre, maire de Honfleur. Un "parcours de découverte" a été mis en place dans le jardin de la station qui offre aussi une salle d'exposition afin de sensibiliser les visiteurs, surtout des élus et des scolaires, aux problèmes environnementaux. Cette station, achevée en mars 2004 et inaugurée début novembre, a coûté 8,3 millions d'euros.

"Pour la filière eau, nous avons eu un petit surcoût de moins de 5% par rapport à une installation conventionnelle, et pour la filière boues l'investissement aurait été le même", explique à l'AFP Alain Renouf, directeur du site. La station a été conçue par la société Phytorestore, premier industriel français de dépollution écologique. A son actif, un jardin traitant les eaux pluviales au coeur de Toulouse, un autre sur une friche industrielle de 12 hectares à Caen, ou encore la restauration d'une ancienne décharge en base de loisirs de 26 hectares à Amiens